Kantonsärzte und Kantonsärztinnen arbeiten im kantonsärztlichen Dienst der Gesundheitsverwaltung. Sie beschäftigen sich nicht mit einzelnen Patienten und Patientinnen, sondern mit der Gesundheit von ganzen Bevölkerungsgruppen. Sie bilden eine wichtige Schnittstellenfunktion zwischen Dienststellen, Fachleuten und Bevölkerungsgruppen. Je nach Kanton unterscheiden sich ihre Aufgaben und Kompetenzen stark.
Zu ihren Hauptaufgaben gehören die Überwachung der Berufsausübung der Ärzte und Ärztinnen und die Förderung der öffentlichen Gesundheit (Prävention), das Meldewesen zu statistischen Zwecken und die Gesundheitspflege. Zudem beraten und unterstützen sie Gesundheitsbehörden in allen humanmedizinischen Fragen. Sie überwachen das Auftreten von übertragbaren Krankheiten (gemäss Epidemiengesetz) und leiten die notwendigen Massnahmen ein. Im Betäubungsmittelbereich haben sie Bewilligungs-, Aufsichts- und Kontrollfunktion. Ihnen untersteht ebenfalls der Bereich der ausserkantonalen Hospitalisation. Zudem leiten sie das Impfwesen und sind für die Qualitätssicherung im Gesundheitswesen zuständig. Kantonsärzte und -ärztinnen überwachen und betreuen Schul- und Amtsärzte und -ärztinnen und sind deren fachliche Vorgesetzte.
In den meisten Kantonen üben sie ihre Tätigkeit vollamtlich aus. In manchen Kantonen üben die Kantonsärzte auch die amtsärztliche Funktion aus (vgl. Amtsarzt/Amtsärztin).